Предложений семь:
1. Использовать только открытые протоколы.
2. Использовать только ПО, которое хранит файлы на вашем компьютере.
3. Скачивать всё.
4. Использовать свой сервер для централизации.
5. Использовать свой домен как identity.
6. Использовать шифрование.
7. Делать бэкапы.